PNAS全基因组测序判定非洲结核杆菌病原体前期感染状况

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最近，宣布在《PNAS》杂志上的一项研讨查看了南非区域迸发的广泛耐药结核病盛行株LAM4 / KZN的进化和盛行病学前史。

该菌株初次报导于2005年在夸祖鲁-纳塔尔省的图格拉渡轮，尔后已在全省广泛传达。这项新研讨确认了促进XDR-TB菌株疫情迸发的要害宿主，病原体和环境要素，以及可以采纳的前期发现和遏止未来盛行病的过程。

由哥伦比亚大学领导的这项研讨由来自南非，美国和挪威的多组织研讨人员组成，他们运用基因组，空间和蛋白质模型来答复这种菌株何时何地呈现以及怎么进行广泛传达。

研讨人员将该菌株的地舆来源定位在与莫桑比克和eSwatini接壤的一个农村区域，耐药结核病的高发病率坐落距初次陈述LAM4 / KZN迸发地址400公里处。成果还标明，该病毒株在1990年代初呈现，并快速获得了要害的有利骤变。此外，研讨标明，这种菌株的快速和广泛传达具有周期性的城乡搬迁现象。

文章作者，来自哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院盛行病学助理教授，首席研讨员Barun Mathema博士说：“咱们的成果标明，这种XDR-TB菌株的世纪呈现时间比公共卫生学相关陈述中记载的还要早大约12年出。咱们的研讨标明，有必要结合多种环境以及病原体的要素，才能使这些病原体继续传达并跨过地舆屏障。”

Mathema观察到：“将全基因组测序用于公共卫生监测可以使咱们可以更好地了解检测疫情前期的盛行病学情况，并为前期辨认和遏止病原体供给战略。”

资讯出处：Using whole-genome sequencing for early identification and containment of AMR pathogens

原始出处：Tyler S. Brown, Lavanya Challagundla, Evan H. Baugh, Shaheed Vally Omar, Arkady Mustaev, Sara C. Auld, N. Sarita Shah, Barry N. Kreiswirth, James C. M. Brust, Kristin N. Nelson, Apurva Narechania, Natalia Kurepina, Koleka Mlisana, Richard Bonneau, Vegard Eldholm, Nazir Ismail, Sergios-Orestis Kolokotronis, D. Ashley Robinson, Neel R. Gandhi, Barun Mathema. Pre-detection history of extensively drug-resistant tuberculosis in KwaZulu-Natal, South Africa. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2019; 201906636 DOI: 10.1073/pnas.1906636116

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